Il se compose de plusieurs sections spécialisées :
The European Physical Journal A - Hadrons and Nuclei[2]. Succède notamment à Zeitschrift für Physik[3] A - Hadrons and Nuclei (1920-1997) et à Il Nuovo Cimento(en) A (1965-1999) ;
The European Physical Journal B - Condensed Matter and Complex Systems[4]. Succède notamment à Zeitschrift für Physik[3] B - Condensed Matter (1962-1997) et à Il Nuovo Cimento D (1982-1988) ;
The European Physical Journal C - Particles and Fields[5]. Succède notamment à Zeitschrift für Physik[3] C - Particles and Fields (1979-1998) et à Il Nuovo Cimento A (1965-1999) ;
The European Physical Journal D - Atomic, Molecular, Optical and Plasma Physics[6]. Succède notamment à Zeitschrift für Physik[3] D - Atoms, Molecules and Clusters (1986-1997) et à Il Nuovo Cimento D (1982-1988) ;
The European Physical Journal E - Soft Matter and Biological Physics[7]. Matière molle et physique biologique ;
The European Physical Journal H - Historical Perspectives on Contemporary Physics[8]. Succède à Annales de Physique (1914-2009) ;
The European Physical Journal Plus[9]. Journal en ligne en cours d'initialisation (2010) ;
The European Physical Journal Applied Physics[10]. Succède notamment à Journal de Physique III (1991-1997) ;
The European Physical Journal Special Topics[11]. Succède notamment à Journal de Physique IV (1991-2006).
The European Physical Journal Data Science[12]. Revue Open Access créée en janvier 2012.
The European Physical Journal Nuclear Sciences and Technologies[13]. Revue Open Access créée en 2015.